Nancy

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martes, 29 de junio de 2010

Brin y la data driven science: un cambio vital

Dolors Reig | Tuesday, June 29th, 2010 | 21 Comentarios »

Pocas veces he disfrutado tanto leyendo un artículo. El que contaba hace unos días la historia de Sergey Brin, Cofundador de Google, en Wired, creo que reúne muchas de las cosas que considero que hacen de una historia algo no sólo memorable sino también generativo, con capacidad de hacer nacer y prosperar muchas ideas y conexiones más.

Por lo menos era lo que me ocurría personalmente, a media lectura de Bursts, la última obra de Barábasi sobre cómo las redes sociales en internet pueden llegar a cambiar la forma en que nos aproximamos a las ciencias sociales.

Un mundo de datos, de cada vez más datos, que permite registrar cosas antes impensables, indicadores del comportamiento social pero también claves importantes para la investigación en ciencias más “puras”. Es el caso de la investigación médica para la que Brin, con el ánimo de acelerar el conocimiento en torno a la enfermedad del Parkinson, recomienda un cambio de paradigma. Parte de un motivo básico, la conciencia de tener un riesgo genético superior al de la media de terminar padeciendo la enfermedad, que coincide en su caso con una trayectoria vital dedicada a las ciencias computacionales desde los privilegiados laboratorios de Mountain View.

¿Puede un modelo impulsado por conjuntos de datos y el poder de las computadoras competir con el estándar dorado de la investigación? Si en las ciencias computacionales el datamining, el proceso de recogida y tratamineto de cantidades abundantes de datos se conoce como “market-basket analysis”, dados los algoritmos adecuados pueden surgir ineresantes asociaciones de todo tipo de conjuntos de datos no convencionales (palabras en un documento, número de visitas a páginas web o los caminos que sigue la propagación viral según el rastreo de dólares por parte de usuarios de internet, en un ejemplo de Barábasi en Bursts).

El foco de la ciencia basada en datos está en los patrones más que en las hipótesis, reduciendo considerablemente los tiempos para nuevas inferencias o descubrimientos, en contraste con el método tradicional.

Os recomiendo, como siempre leer el artículo, pero quería dejaros su resumen, en un esquema que me ha parecido claro. El cambio en el paradigma de la investigación científica se resume bien en el ejemplo siguiente:

Modelo tradicional

  • 1. Hipótesis: Un primer estudio sugiere que los pacientes con la enfermedad de Gaucher (causada por una mutación en el gen GBA) puede incrementar el riessgo de Parkinson.
  • 2. Estudios: Los investigadores conducen estudios posteriores al respecto.
  • 3. Agregación de datos: Dieciséis centros recogen información de más de 5,500 enfermos de Parkinson.
  • 4. Análisis: Un estadístico comprueba los números.
  • 5. Escritura: Se elabora un paper entre 64 autores.
  • 6. Presentación (Submission): El paper se envía al The New England Journal of Medicine. Revisión entre pares.
  • 7. Aceptación: El NEJM acepta el paper.
  • 8. Publicación: El paper determina que la gente con Parkinson tiene 5.4 veces más probabilidades de tener mutaciones en el gen GBA.

    Tiempo total: 6 años

    Iniciativa genética de estudio del Parkinson

  • 1. Elaboración de la herramienta: Diseñadores de encuestas construyen un cuestionario que los pacientes usarán para reportar síntomas.
  • 2. Reclutamiento: Se anuncia a la comunidad, con el objetivo de reclutar 10.000 personas con Parkinson.
  • 3. Agregación de datos: Se analiza el ADN de los miembros de la comunidad. También se rellenan las encuestas.
  • 4. Análisis: Investigadores de 23andMe ejecutan una consulta en una base de datos con más de 3,200 sujetos. En 20 minutos hay resultados.
  • 5. Presentación: Se reportan los resultados en el congreso de Medicina Royal Society of Medicine en Londres: la gente con GBA tiene 5 veces más probabildades de desarrollar Parkinson. Posteriormente se publicarán los resultados.

    Tiempo total: 8 meses


    Culminando una tradición que iniciaría el acosado Turing, Jim Gray, investigador y científico computacional, llamaba al movimiento inevitable desde la tradicional hipótesis a los patrones el cuarto paradigma de la ciencia. Gray predecía ya en 2007 que la afluencia de datos podía llegar a “agobiar” a científicos de distintas disciplinas si no se reconsideraban ciertos elementos del proceso científico y se aplicaban herramientas de computación masiva a su desarrollo.

    El caso de Bryn no es nuevo: Andy Grove, ex-CEO de Intel exhortaba también una revolución cultural en la ciencia, basada en la misma necesidad de acelerar los procesos de investigacíón y desarrollo. Él mismo, diagnosticado de Parkinson en el año 2000, ha luchado contra el ritmo al que se mueve la ciencia tradicional: Despúes de 10 años de estudio en el ámbito del Parkinson tenemos 3 medicamentos en fase de pruebas, que reportarán resultados en 2012 y saldrán al mercado en 2015.

    Recuerdo la pregunta que lancé en twitter y quedó en el tintero digital durante la charla de Kurzweil en los Debates de Fundación Telefónica en Madrid. ¿Puede una redistribución de recursos acelerar la evolución biomédica y tecnológica que presentaba y que parecía culminar en un aumento de la esperanza de vida espectacular?

    Vengo de una reunión de trabajo en la Fundación Bofill en torno a la educación. Editoriales, profesores, cátedras y cateráticos frenan hoy, limitan de forma artificial la educación de los ciudadanos de mañana. La educación sigue pareciendo obsesionada con los límites y no con las posibilidades. Y no es que sea un tema banal, pero no alcanza el nivel destructivo de la incongruencia tecnofóbica que relata Brin.

    Ambos son debates éticos que debemos exigir o iniciar. ¿En qué medida es tolerable la resistencia al cambio, el mantenimiento del status quo de ciertos científicos o instituciones si lo que está en juego puede ser no sólo ya la realización, la felicidad del ser humano, sino también la propia vida?

  • domingo, 27 de junio de 2010

    Redacciòn de la Discusiòn

    Redacciòn de la discusiòn en la investigaciòn

    PRESENTACION DE RESULTADOS

    A MANERA DE EJEMPLO, presentamos 2 videos que tratan sobre la presentaciòn de resultados de la investigaciòn,





    viernes, 18 de junio de 2010

    El ladrillo

    Un alto en la tarea.

    ¿Cuál es tu opinión sobre este video?, que recien descubro que en su interior hay muchos.¡¡¡¡¡
    Muchos que te llevan a la retroflexión, como el bomeran, que tu crees que va a caer sobre otro pero vuelve con más fuerza sobre tí. No nos enfademos con nostros mismos.




    domingo, 6 de junio de 2010

    URGENTE Y NECESARIO REFLEXIONAR SOBRE LAS LIBERTADES DE LAS Y LOS JÓVENES

    Queridas Alumnas:

    Una semana que conmueve y que nos invita a reflexionar, los últimos hechos de sangre de gente joven como ustedes:
    ¿Qué estamos haciendo como padres?
    ¿Qué estamos haciendo como hijos?
    ¿Qué estamos haciendo como autoridades?
    ¿Qué estamos haciendo como maestros?
    ¿Qué estamos haciendo como sociedad toda?

    Los tiempos actuales son difíciles para todos hombres y mujeres, todos quieren cometer sus propios errores, a veces tenemos más de dos oportunidades para recomenzar, pero otras no, dejamos la vida en la carretera, en el cuarto de un hotel, en una discoteca, en cualquier lugar... y detras de nostros la familia dsconsolada sin comprender qué hizo, qué no se hizó, porque aquello y por que no fui más exigente con la educación de mi hijo o hija.

    Mientras los hijos e hijas viven en casa y dependen de sus padres, hay patrones de conducta que cumplir, nadie dice que divertirse es malo, nadie dice que amanecerse y pasar la noche con los amigos es malo. Lo malo, desde mi particular punto de vista, es andar al filo de la navaja, con gente desconocida, o con el primero (a) que se presenta y como si fuera de toda la vida, se olvidan patrones de conducta, valores y se olvidas quienes son.

    Todo tiene su tiempo, su momento, todo llega... nada pasa por la vida sin que nosotros experimentemos lo dulce, amargo o agrio que tiene el vivir y convivir en esta vida.

    Hay un dicho que dice: ¡¡¡¡¡ Caras vemos corazones no sabemos¡¡¡¡¡, es algo que siempre debemos merituar para dar el gran paso y tirar por la borda todo.
    Que la experiencia de sangre y dolor que día a día nos muestran los medios de comunicación nos sirva para pensar y ver como en la peliculas en el vida de otro lo que me puede pasar si no preveo, si nada me importa.... Hay grandes lecciones que nos va dejando la vida y que ustedes van observando en la vida de otros jóvenes..... que ello nos sirva para meditar y reflexionar sobre el tipo de vida ¿qué queremos ? , y que estamos dispuestos a dar a cambio.... para lograrlo.... sin ningúin tipo de mojigateria.

    A cuidarse chicas... ustedes son importantes y valiosas para su familia y ustedes mismas.